1、血球計數(shù)板法:
這種方法簡便，直觀，快捷，但只適宜于單細胞狀態(tài)的微生物或絲狀微生物所產(chǎn)生的孢子進行計數(shù)，并且所得結(jié)果是包括死細胞在內(nèi)的總菌數(shù)。
 
2、染色計數(shù)法：
為了彌補一些微生物在油鏡下不易觀察計數(shù)，而直接用血球計數(shù)板法又無法區(qū)分死細胞和活細胞的不足，人們發(fā)明了染色計數(shù)法。
 
3、比例計數(shù)法：
將已知顆粒（如霉菌孢子或紅細胞）濃度的液體與待測細胞濃度的菌液按比例均勻混合，在顯微鏡視野中數(shù)出各自的數(shù)目，即可得未知菌液的細胞濃度。
 
4、液體稀釋法：
對未知菌樣做連續(xù)十倍系列稀釋，根據(jù)估計數(shù)，從適宜的三個連續(xù)的10倍稀釋液中各取5毫升試樣，接種1毫升到3組共15只裝培養(yǎng)液的試管中，經(jīng)培養(yǎng)后記錄每個稀釋度出現(xiàn)生長的試管數(shù)，然后查然數(shù)表MPN（most probably number）得出菌樣的含菌數(shù)，根據(jù)樣品稀釋倍數(shù)計算出活菌含量。該法常用于食品中微生物的檢測，例如飲用水和牛奶的微生物限量檢查。
 
5、平板菌落計數(shù)法：
這是一種常用的活菌計數(shù)法。但方法比較麻煩，操作者需有熟練的技術(shù)。平板菌落計數(shù)法不僅可以得出菌液中活菌的含菌數(shù)，而且同時將菌液中的細菌進行了一次分離培養(yǎng)，獲得了單克隆。
 
6、試劑紙法：
在平板計數(shù)法的基礎上，發(fā)展了小型商品化產(chǎn)品以供快速計數(shù)用。試劑紙法計數(shù)快捷準確，相比而言避免了平板計數(shù)法的人為操作誤差。
 
7、膜過濾法：
用特別的濾膜過濾定量體積的含菌樣品，經(jīng)丫叮橙染色，在紫外顯微鏡下觀察細胞的熒光，活細胞會發(fā)橙色熒光，而死細胞則發(fā)綠色熒光。